政策导向
几乎国内所有的生态有机农业从业者都在抱怨政策不给力。的确，过去的几十年的中国农业发展可以称之为数量农业导向，在物资贫乏的年代，首先考虑的不是产品品质，而是能否有足够的食物生产供应。在这样的知道思想下，权利发展数量农业恐怕是改革开放初期的首选择。
到了21世纪，我国的常规农业生产在石油化学农业体系的支撑下，终于进入了数量全面过剩的时代，在解决了全民温饱问题后，在十八大提出的生态中国和绿色中国的主题下，注重品质、注重环境生态成为常规农业提质升级的必然选择，中央提出的供给侧改革也给了农业改革充足的动力，相信在今后的农业生产中，品质将成为重点。
政策导向只是外部环境，把发展缓慢的原因归结到政策不给力只能算一种托词，中国生态有机农业的发展必须依赖于自身的进步。
路线问题
近年来，国内生态有机农业的开始呈现加快发展的态势，已经进入的企业、个人无疑是选择了正确的方向，但是过往的经历还是让绝大多数的生态有机农场感觉仍处于漫漫长夜之中，许多人等不到黎明的到来就悲壮地倒下了。方向正确，路线就成了决定成败的唯一要素。
复古自然主义
崇尚全自然主义，从古代农耕技术中寻找解决现代问题的办法，以自然的名义拒绝使用现代科学技术，俨然成为一种时尚。这些流派注重自然和环境，忽略或忽视生产力的提高，更有甚者在生产中引入玄学。低产出、高成本、靠天吃饭成了这些农场的标签。
这类农场作为一种社会行为无可厚非，也是部分人群选择的心灵归所，但是对于中国生态有机农业的发展而言，能够起到的作用不过是精神引领，以普及化生产为目的，从源头大规模生产安全的农产品，恢复生态环境、提高产业投入产出水平的行业，低生产力的复古自然主义无法担当大任。
其实，即使在复古自然农法的农场里，只要认真了解中国古代农耕技术，例如“粪田法”、“轮作法”、“趋避法”等等，再结合现代的手段和工具可以做得很好，不会使很多新农人作者低水平的重复试验，或者让外国的农民跑到创始堆肥法的地盘教授新农人如何堆肥。
一招平天下
生物菌肥、酵素、生物农药等等单一产品或技术，在国内生态有机农业的圈子里普遍流行，这些技术产品对于一些缺乏技术的农场颇有吸引力。
不可否认这类技术产品的科技含量和一定的效能，但对于农业生产复杂的多变量因素，“一招足以平天下”似乎很难实现。农作物生产遇到的情况和问题千差万别，即使能有效地解决其中的一个或几个问题，也无法保证全面提高产量和品质。
打补丁
在多年来化学农业为主的教育科研和推广体制下，发展有机农业很难摆脱惯性思维的引导，提出各种有机农业解决方案仍以常规农业原有框架体系为蓝本。
从模式的角度看，国内大多数生态有机农业的生产模式基本上属于化学农业模式的改良版，仅仅是把原来模式中的投入物由化学物质改为环境友好的生物物质，其核心就是“换”和“打补丁”。
依托化学技术和产品的常规农业已经形成了一整套的、较高生产力的产业模式，其效率和效果与其关联的技术和投入物效能密切相关，在替代技术和产品效能不能达到同等水平的情况下，必然出现生产成本高、效率低的局面。
讲情怀
近几年，随着新农人的涌入，生态有机农场虽遍地开花，但结下良好果实的不多。很多新农人受制于成本过高、市场接受度过低的现实，出现了很多用情怀推销产品的现象，甚至将情怀作为唯一的销售手段。
新农人投身于有益于环境和食品安全的生态有机农业，其志可嘉，但是激情和热情不能代替科学，那些情怀故事不能成为消费者为落后的生产力买单的理由。
中国有机农业的短板
土壤
我们开始重视土壤的生态改良和利用，但是在理念上仍未脱出传统常规农业的窠臼。绝大多数的有机农业生产者只知肥力而不知地力(指土壤持续产生矿质养分和其它养分的能力)。
过去，限于对科学的认识，不可能了解地力的本质，更多的是表现了古人对现象和结果的观察和总结。有些农场模仿式沿袭了古代的做法，比较极端的甚至不耕作、不施肥，顺天自然。
自然生态系统是典型的低生产力模型，古代的土壤培肥方法有着科学的局限性，只有科学地培养地力才是解放土壤生产力的有效方法。
肥料
从可持续的土壤地力角度看，使用腐熟的有机肥至少是舍本逐末，但是目前的有机农业施用腐熟的有机肥几乎是唯一的选择，目标是直接为作物提供有机养分，不但施用的成本远高于化肥，而且对于增强土壤微生物的繁殖能力，提高地力的作用非常有限。
此外，无论是堆肥还是商品有机肥，如果其原料来源于常规的畜禽养殖，其抗生素和重金属残留仍然是个严重的问题。
最理想的肥料来源是生产体系的自循环，但是国内的生态有机农场的循环大多有名无实，根本原因是配套的循环技术落后，循环效能与生产实际需求严重脱节，难以实现高效率、低成本的循环。
病虫害
有机行业内最普遍的做法是用生物农药加物理方法替代化学农药，虽然减少了环境损害，但其成本高、见效慢、效果差，综合效能远远低于化学农药，寻找更有效、更低成本的替代物和替代技术成为从业者追逐的目标。
但是，这种方式仍是以毒杀为目的，属于后端治理的方法。百年来，农业的人虫大战从未停止，而人类也从未真正胜利过。
发展生物多样性，利用自然界生物链关系平衡生态，实现对病虫害的前端治理，是有机农业的最佳选择。但是由于理论上的不确定性、实施生物多样性是否能够平衡生态与生产，以及大面积实施的真实效果，都是需要面对的问题。
根据以上种种，二十多年来中国有机农业相对较低的生产力水平，是这个行业裹足不前、发展缓慢的真正内因。
