同时，诉讼作为一种特殊的争议解决方式，存在着内生性的无法克服的矛盾。例如，法律规则（审判规范）与社会规范（传统、道德、习惯和情理等）的矛盾；程序公正与实体公正的矛盾；法律真实与客观真实的矛盾；公平与效益的矛盾；程序设计中高度专门化与当事人参与的常识化要求的矛盾；规则的确定性和程序僵化与解决特殊个案所需的灵活性的矛盾；作为判决之特征的“要么全有要么全无( all or nothing)”、“非黑即白”的解决结果与当事人期望之间的矛盾；事件涉及的简单权利义务关系与争议背后的复杂社会关系之间的矛盾等。这些矛盾的存在，在很大程度上限制了诉讼作为争议解决手段的功能和效果。②例如，诉讼解决知识产权争议并不总能实现实质的公正性，并且无法满足当事人解决争议的愿望。因为在争议中，法律与道德、权利与道义情理、理智与情感有时并不完全一致，根据法律规范衡量有时难以作出合情合理的解决，司法活动脱离当事人及社会道德、价值观念的运作，导致诉讼解决争议不一定能够实现最优的社会经济效果。以诉讼解决知识产权冲突争议为例，由于知识产权本身是无形权利，权利界线没有外在的彰显手段，容易发生权利冲突，通常表现在两项或者两项以上的知识产权均属于同一客体，但是对这同一客体获得的知识产权保护属于不同的主体。虽然我国立法对此已经开始进行规制，①但是还存在大量没有毹决的权利冲突，例如著作权与名誉权、肖像权等人格权的冲突，商标与域名的冲突，企业名称权与域名的冲突等。在司法实践中，这类争议类型通常被纳入侵权行为领域，法官用传统的侵权构成要件模式来将当事人之间的关系简单化、孤立化，对当事人双方权利义务关系进行是非判定，采用非黑即白的认定模式，得出全有或者全无的结论，难以实现争议解决的最佳效果。
