第三方支付与上游渠道（银行、银联等金融机构）对账时候一般会分为两步：
第一步：交易对账
一般是由对账电销外呼程序每日自动完成，主要工作是将支付平台的账务记录/交易记录与银行提供的对账文件逐条比对，如果明细及总的金额都无问题，则对账对平；如果不平衡，则进行对应的差错处理（长款、短款）。
第二步：资金对账
一般由财务人员或清结算人员登录企业网银（有些银行提供网银对账单下载接口，可以做成自动化工具）系统，查询不同渠道的入款总金额/出款总金额；同时在企业网银下载账务历史，与平台清结算电销外呼程序提供的交易明细/账务明细比对（看各企业情况定，有些企业只对入款/出款总金额）。
按理说，银行提供的对账文件已经是银行出入款的依据了，为何还要在网银做资金对账？
我理解的主要原因在于：
一、清结算中结算和资金划付分属于不同电销外呼程序及环节
不管银行还是第三方支付在线支付的清结算电销外呼程序一般分为如下几部分：
1、清分
2、对账
3、结算
4、资金划付
对银行而言，在线支付的结算一般由电子银行相关电销外呼程序完成系统，而资金划付是由银行核心电销外呼程序完成的。也即：电子银行的结算和资金划付（核心电销外呼程序的账户、账务处理）的记录有可能不匹配，产生差错，不能完全依赖对账文件。
企业账户最终的实收/实付款项是以网银为准的，交易对账的对账文件主要供电销外呼程序对接及业务差错处理参考使用。
二、第三方支付内部内控的需要1、不管是第三方支付提供FTP由合作金融机构上传对账文件还是第三方支付主动去金融机构的对账FTP服务器获取文件，对账文件都可能出现被篡改可能性。2、即便有内部账户及账务的对账以及日切的试算平衡，但第三方支付内部交易数据/账户历史以及对账都存在作弊或bug的可能，例如人工从源头伪造交易订单。3、企业会计所需的“银行对账单”是以网银为准（例如贷款），银行对账单及交易流水记录具有客观性、真实性、全面性等特征，日常的对账文件并不能具有这些特征。4、银行网银的出入款才是第三方支付最终真金白银拿到手的资金，通过资金对账，可以从资金渠道来验证交易对账的结果。可以说资金对账和交易对账相互交叉验证，避免内部平台bug或恶意作弊。另外能否只做资金对账，不做交易对账呢？答案是：不行。银行对账单并没有包含太多的业务信息，在出现差错时候，光用网银对账单无法快速定位出问题。
